Man skriver Systembolaget med stor bokstav när det är företaget som sådant man menar:
I veckan visade siffror från Systembolaget att försäljningen av vin ökat med drygt fyra procent.

Även de mera vardagliga kortformerna Systemet och Bolaget skrivs med stor bokstav när de används som namn på företaget:
Svenskarna köpte mer alkohol på Systemet förra året.

När benämningen har mindre karaktär av egennamn, och snarare anger en typ av inrättning, kan man använda liten bokstav:
Han gick först till systemet och sedan till affären.
Utbudet med butiker, bio, systembolag, caféer, restauranger och offentlig service tillkommer successivt varefter torget färdigställs.