Båda är en typ av bindeord som kan inleda en sats. Skillnaden är att konjunktioner binder samman grammatiskt likvärdiga satser eller satsdelar, medan subjunktioner underordnar en sats till en annan.

En konjunktion samordnar två jämställda led. Exempel på konjunktioner är och, eller, men, fast, utan:

Du och jag
Pest eller kolera
Det råder osäkerhet på marknaden, men handeln tycks fungera
De hade ingen lust att gå på festen utan ville hellre stanna hemma

En subjunktion underordnar en led till ett annat, och gör till exempel en underordnad sats till en bisats till den andra satsen. Exempel på subjunktioner är eftersom, om, så att, även om:

Eftersom det regnade ute tog han med sig ett paraply
Det skulle bli tuffare om hon valde att spela i division 1
Stunderna med Bibeln skapade en religiös grund i hans liv, även om han aldrig gick i kyrkan

I modern grammatik skiljer man alltså mellan konjunktioner och subjunktioner. Tidigare räknades konjunktioner som en enda ordklass, men man skiljde mellan samordnande konjunktioner och underordnande konjunktioner.